Johnny Depp se hizo copropietario del famoso bar «The Viper Room», del que dejó de ser copropietario en 2004, conocido por la muerte de la celebridad River Phoenix, quien murió frente a éste en 1993 y por lo cual Johnny Depp cerraba el bar cada 31 de octubre en honor al actor. Los críticos atacaron diciendo que ese lugar era la “cuna de la marihuana de Los Ángeles”. Perturbado por la muerte y por cómo los paparazzi jugaban con el tema, Depp terminó cerrándolo durante una semana.
Una de las peores etapas por las que paso fue como dice: «la etapa oscura de mi vida»: durante su separación con Ryder, Johnny asistía a ciertas fiestas liberales como una forma de olvidarse por todo el dolor que había pasado. Después, Depp fue detenido por romper una suite de Nueva York. Según explicó: «Llegué a mi cuarto muy cansado, abrí el armario, y de repente un armadillo saltó hacia los muebles, destruyendo todo a su paso y al terminar saltó a la ventana y se fue dejando todo el desastre.
Tras casarse con Lori Anne Allison, se divorciaron y Depp salió con Sherilyn Fenn, Jennifer Grey, Winona Ryder y Kate Moss. Desde el año 1998, Depp está emparejado a Vanessa Paradis, una actriz y cantante francesa. Ella captó su atención en la sala de un hotel en París mientras él filmaba la película The ninth gate (1999) en el mismo lugar. Contrariamente a la opinión popular, la pareja no está casada, aunque tienen una hija, Lily-Rose Melody Depp (27/05/1999) y un hijo, John (Jack) Christopher Depp III (09/04/2002). La pareja divide su tiempo entre Hollywood y una campiña al sur de Francia, y también tienen apartamentos en París y Manhattan. Además, Depp ha comprado una isla en las Bahamas.
Johnny es un ávido lector y en su tiempo libre disfruta de la pintura y colecciona obras de arte.
